Leo（由Osamu Sakuchi配音）原本是一个普通的年轻人。一次偶然的机会，他加入了Lebla，成为了惩罚和消除邪恶的一员。然后，他遇到了外表粗糙温和的克劳斯（由小山理惠配音）、扎普（由中井和也配音）和外表实际上是狼人的钱晃（由小林优配音）。这些志同道合的朋友为狮子座的人生揭开了不一样的序幕。
Wille指示Akira（由Yuko Miyamura配音）和Shinri（由Masayama Sakamoto配音）夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji（由Keimei Ogata配音），但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意，跟随Ayanami（由Hyumi Lin配音）登上了突然入侵的9号航班，回到了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知，他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年，其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。
主人公史亚失忆，与同事一起前往管辖范围外的神户六甲山进行集体旅行。当我们到达山区酒店时，已经有六位客人聚集在这里了。而这六位客人也不约而同地收到了“神秘邀请函”，然后来到了这里。与外界相连的道路很快被切断，酒店变成了一座陆地岛屿。
