无奈之下,他带走了一只留下的神奇宝贝——皮卡丘(由大谷幸雄配音)。皮卡丘,也被称为电老鼠,虽然外表可爱,但性格腼腆内向,与人类并不亲近。他经常在稍有不满的时候就放电鼠,暴躁的脾气让小智吃了不少苦头。Daiki博士把神奇宝贝地图和神奇宝贝球作为实用礼物送给了小智。在小智和皮卡丘面前,神奇宝贝的世界里有许多谜题和探索在等着他们。迎接他们的是光明还是黑暗?小智能如愿成为神奇宝贝大师吗?
另一方面心理医生白玫瑰,每天要应酬各种变态客人,亦感到厌倦
故事告诉了石川家族的儿子Guishi,他住在一座高档豪宅中,未经允许外出后失踪。他被怀疑卷入了一起谋杀事件,导致他原本幸福的家庭生活发生了变化。