两个失去亲人的少年与一位能看见精灵的少女“有星多江”，以及“须大叔”、“猫又”、“河童”、“座敷童子”等善良可爱的精灵妖怪，一起踏上了寻找亲人的冒险之路，小伙伴们温暖感人的友情故事也就此展开。即使山川异域，跨越时空，这份友情也决不能忘记！
革命历228年，E.U.联盟联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）和中尉阿基德（入野自由 配音）在巴黎期间化险为夷，将企图绑架吉恩·史麦拉斯将军（石冢运升 配音）的11区日本少年成濑幸也（松冈祯丞 配音）、佐山流（日野聪 配音）和香坂彩乃（日笠阳子 配音）招募到W Zero部队。在另一边的帝国内，信·修加·夏音度（松风雅也 配音）成功篡位，被封为圣米迦勒骑士团的团长，即将迎来和阿基德的宿命重逢。E.U.联盟对成濑等人充满不信任感，时刻密切监视着他们。不久，联盟决意将W Zero部队空投至帝国的腹地华沙执行死亡任务。蕾拉坚持和阿基德以及新加入的三个战士同往，等待他们的是圣米迦勒骑士团的强敌……
在媒体上，目前有一项任务是摧毁正在建造的阿尔忒弥斯连接月球和地球的轨道升降机。这是因为在月球上大规模生产的庞大机器大军将大量来到地球。然而，死去的大师和本应是同伴的力量，以及作为阿尔忒弥斯尖端的无人军队的军队，以及邪教组织[教育机构]的smiley将受到阻碍。当各种猜测交叉时，皇后号瞄准了上校的轨道升降机。接下来会发生什么？
