故事发生在2017年的地球,飞鸟信(鹤野刚士 饰)的父亲飞鸟一马是一名宇航员,在一次任务之中下落不明,长大后的信继承了父亲对正义的追求,成为了地球和平联合组织的一员,在学习和训练之中展现出了过人的实力,甚至打败了王牌飞行员由美村良(齐藤理沙 饰)。 在由美的推荐下,信成为了SUPER GUTS中的一员,肩负起了对抗外星人保卫地球的重任。斯菲亚和岩石合体成为了拥有强大破坏力的怪兽,信和队友们和它展开了激烈的斗争,然而双方实力悬殊绝大,信陷入了岌岌可危的境地,在这千钧一发之际,信变身成为了光之巨人,战斗力陡增,瞬间结果了敌人。之后,信便以光之巨人的身份走上了伸张正义之路。
半空之中,漂浮着闪烁着多彩光芒的“知识之箱”,那里面藏着数不尽的世界、时间和人类。杜娅尔(种田梨沙 配音)与多萝茜(佐仓绫音 配音)穿梭于“知识之箱”之中,与侵蚀各个世界的病毒作战。凡是被病毒污染的世界,必须尽快予以消除。
寻找教训的刑警柴奇的女儿被杀。警察组织进行了绝望的搜查,但案件仍未解决。事件发生15年后,成立了一个专门针对未解决事件的特别搜索小组,导致局势发生了急剧变化。当时,现场有很多疑问,因此调查没有任何进展。