多年前,宇宙中最大的恶魔弗利萨(中尾龙胜配音)接连被超级赛亚人击败。他剩下的一行人想在宇宙中漫游,寻找纳姆克人的新定居点,以便再次复活弗利萨。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀,而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家,上条如往日一般去学校学习,但放学回家,却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中,上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。丽莎看到一个朋友去作文,她让她去海边改变心情。