神创造了一切生命，但同时也创造了所有邪恶。故事是从中空回廊封印的有机天使亚蕾克西儿之躯体被盗开始的。邪鬼族王女九雷与其堂兄紫罗九音，为了让亚蕾克西儿复活而前往人界寻找亚蕾克西儿灵魂所托之人，于是遇上了这一世亚蕾克西儿的持魂者——无道刹那。 当时刹那正陷入与其胞妹无道纱罗的矛盾苦恋中，无暇顾他。同时，偷跑来人界的智天使肯达为解救被封印的前炽天使长兼天使军总司令狂天使无机天使罗洁爱儿而实行“天使禁猎区”计划，揭开人界天界魔界新纪元的大事件即将发生......
在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。 伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。 这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？ 期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。 如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。
乌丸大路顶着西瓜头，成绩优秀运动万能，可是看似完美的他却有着怪异的行为和只属于自己的秘密，身患绝症的他即将不久于人世。外表狂野个性粗暴的播磨拳儿（高桥广树 配音）内心有着柔软天真的一面，这一面的名字叫做天满，可是天然呆的天满似乎从未注意到过他的感情。当他鼓起勇气对天满表白时候，出现在眼前的女子，却是个性直爽的学院偶像泽近爱理（堀江由衣 配音）。面对播磨火辣的表白，泽近爱理的心里产生了异样的感情。 在矢神高中里，迷糊而快乐的校园生活每日都在上演。
