《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。涩谷一梨被厕所冲到了一个不同的世界,这个世界分为人类和恶魔两个种族。魔族体格健壮,年事已高,在实力上也有着独特的优势。人类只有和你我一样的特征,而且在力量方面,它只能依靠挖掘出的能够释放魔法的石头来平衡恶魔种族的力量。