故事描述女主角小樱(木之本樱)与男朋友小狼(李小狼)和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。 在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了,一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了, 小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了! 在与知世、小狼和艾力欧的讨论下,小樱重新踏上了收集透明牌的故事。22世纪末,被人类称作“加米拉斯”的不明外星生物盘踞火星,并持续向地球发射带有强烈放射性物质的游星炸弹,致使地球人死伤无数,濒临灭绝,被迫转到地下求生。