2005年,美国国家航空航天局发现了一颗类似地球的外星行星,并确定其上可能存在智慧生命。为了与外星智慧生物取得联系,美国国家航天局启动了“灯塔计划”,并在夏威夷发射了一个深空通信阵列基地,传输高功率信号进行探测。几年后,一艘外星飞船意外抵达。
值此危急时刻,公安九课少校的草薙素子(坂本真绫 配音)率领队员巴特(松田健一郎 配音)、陀古萨(新垣樽助 配音)等人迅速展开行动,与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队,还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害,公安9课课长荒卷大辅(塾一久 配音)在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相,在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。