2019年的一个夜晚,新东京郊外的封闭高速公路上,暴走族团体正在公路上飙车。带头的少年,是一名叫做金 田的职业高中学生。 突然,街上出现了一位奇怪的矮个子男子,暴走族少年铁雄为躲避车祸连人带车飞出公路。正当金田要拿那位男子问罪之时,军队驾驶直升飞机赶到。将那位矮个男子与铁雄一起收押。 铁雄进入了一个陌生的地方,这里似乎在从事超能力的研究。而金田则在盘算如何营救铁雄。二人都不知道,他们的未来,因为神秘力量——阿基拉而已经开始了巨大的变化。
17岁少女神原骏河(泽城美雪 饰)拥有与众不同的人生经历,童年时代她从亡母手中接过能够帮助人实现三个愿望的猿猴之手。据说只要向猿猴之手祈愿,甚至可以改变看似不可逆转的命运,但是许愿的人也将付出巨大的代价。
宇宙世紀(U.C.)0093年,成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望,決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰...