三日月・奥格斯所属的铁华团，在从护送古荻莉亚・蓝娜・伯恩斯坦到地球时，在阿布罗代表提名选举中一战成名。他们在那场战斗中揭露了加拉尔霍恩的腐败，虽不明显但世界正因此确实地改变着。
恐惧和绝望笼罩着被困在游戏中的玩家。开朗、直率、随和的战士Naji（由前野敏夫配音），以及可爱而强大的刺客Akira（由加藤英美配音），与Kei Cheng联手成立了“唱片地平线”联盟。他们从秋叶原的大都市出发，踏上了一段冒险之旅，决心探索自己的世界，找到释放的方式。
在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切，一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
