Machiko Ryu（由Rina Sato配音）的父母都在海外工作，他们相互依赖的祖母不幸去世。在很小的时候，柳就不得不开始独自生活。不久后，梁意识到自己的厨艺不如以前了，这让她感到非常内疚，因为她答应祖母要努力练习烹饪。
然而，一夕之间，麻由子竟已理所应当般和他生活在一起，并绝口不提智彦，原本致力人脑记忆研究的智彦也下落不明。 崇史被巨大的不安紧紧攫住……
但曾担任联合舰队上尉的哈洛克（Kokuri Seon配音）背叛了盖亚的制裁措施，并驾驶他的阿尔卡迪亚，升起了反政府军的旗帜，成为一名逃亡了一百年的通缉犯。联合舰队司令Isola（森川清治配音）指示他的弟弟Yama（三浦春马配音）潜入阿尔卡迪亚号，探索尼伯龙根人发明的永动机的秘密。在此期间，哈洛克带领他的船员接近地球，而联合舰队则在太阳系中放置了一张网来阻止他的前进。遥远的祖国，久违的真相，震惊了所有人。。。这部电影改编自詹姆斯·松本的经典科幻漫画。
