很久以前四处游荡的羽入一族来到雏见泽定居，虽然他们希望能够和当地居民共存，但是在排外心的作用下遭到了拒绝，并发生了流血事件。这时，羽入以人类的姿态和古手神社的神主进行交涉，而且和神主的后继者有了孩子。“百武装展开！！” “HUNDRED”──那是能对抗袭击地球的神祕生物“蛮族”（Savage）的唯一武器。 主角如月隼人为了成为能够驾驭HUNDRED的武艺者（Slayer），进入海上学园都市舰“Little Garden”就读。
