富士山下的小村庄正在进行热闹的祭典，突如其来的山火却让人们陷入恐慌之中，而天文学家白石良一（平田昭彦 饰）则在混乱中失踪。不久，当地发生滑坡、天坑等离奇事件，更有一个巨大、恐怖的机器人出现，对周遭城镇进行大肆破坏。
许多年后，爱德华（山田龙之介饰）成长为这个国家最年轻的钢铁炼金术师。他和他的兄弟（水石屋飞梦配音）一起找到了哲学家的石头。与此同时，神秘的人造人Raster（松由康子饰）和Enwei（本真敏雄饰）徘徊在这个国家的角落。他们的规划者的可怕活动，天空有一段时间多云。。。这部电影是根据荒川宏的原创漫画改编的。
他们对昆虫进行研究和记录，并接受人们的委托来解决昆虫引起的奇怪事件。故事的主人公音谷（由中野裕斗配音）就是这样一个流浪的昆虫大师。他有一头银发，只用一只眼睛看东西；我经常嘴里叼着烟，背着一个大背包，翻山越岭，追寻昆虫的足迹。从第一季开始，《昆虫大师》就深受观众的喜爱。在沉寂了几年之后，这部电视动画系列已经重启，制作团队由原班人马组成。这一次，《昆虫大师》的续集将动画化原作的整个情节。
