长久以来，五个世界相互制约抗衡，形成了微妙的平衡，然而一场意外的发生让这五个世界都将面临着同一个结局——毁灭。 为了避免这恐怖的未来图景成为现实，拥有“Excceed能力”的少女们挺身而出，她们被送往名为青兰学院的学校之中，在这里接受训练和保护。率真耿直的彩城天音（田村由加莉 配音）、沉默寡言的苍月纱夜（寿美菜子 配音）、优雅高贵的阿尔玛利亚（原由实 配音），在校园里，这些命运相似的少女们相遇了。
剧情以新古典主义推理展开，同时进行了“十二怒汉”式的针锋相对。事实证明，我再次对这个世界感到厌恶，我非常渴望别人听我讲故事。每一个人都是可疑的，每一个人总是确信的，而结局展示了最令人信服的逆转。《20世纪青年》（2008-09）和《爱的成年》（2015）的导演徐由纪子巧妙地触及了青少年自杀的禁忌，将他们像完成计划一样处死。在绝望的深渊中，一个拥抱可以拯救一个灵魂。
14年前，第一架飞机被怀疑是第一种神化形式的觉醒带来了近三次冲击，在世界上引发了前所未有的动荡。之后，前NERV成员，如葛成梅丽（三石琴配音）逃离并建立了Wille，Wille反抗Seele和NERV。
