《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，人类正式开始进出宇宙2世纪，但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。东京峰会即将举行，为了确保会议的顺利进行，日本警方部署了约2万名警察，对位于东京湾的超大型设施“海洋边缘”进行安保工作。在严密的预防和控制下，这里已经发生了爆炸。令柯南和其他人惊讶的是，现场留下了对毛利小五郎（也由小山利配音）极为不利的证据。
