日本战国时代末期，丰臣秀吉（下村正治饰演）即将实现千年统治，而北条氏的灭亡指日可待。秀吉命令部下石田三成（上田秀吉饰演）和大谷纪二（山田隆吉饰演）率领2万人的军队逼近北条氏领地上的小镇鸣人。
灾难性袭击对世界造成“第二次冲击”后，世界在废墟上重建。14岁的Ikashi Shinji被他的父亲Ikashi Moto召集到第三新东京城。我以为我能看到他受到父亲的欢迎，但我看到一个名叫“使徒”的巨大生物与军队交火。
少年焰魔堂辘轳（花江夏树 配音）立志要成为史上最强阴阳师，却因为一场悲剧的发生而意识到灾难的不可逆转，遂放弃了理想，沦为路人。 某日，一位名叫化野红绪（潘惠美 配音）的京都少女出现在了辘轳的身边，两人在误打误撞之中开始了同居生活。红绪铲除污秽的决心渐渐感化了辘轳，让他再度看到了希望，燃起了热血。与此同时，辘轳发现，红绪的哥哥石镜悠斗（村濑步 配音）和当年令自己失去一切的灾难有着千丝万缕的关联。
