21世纪初,人类在地球上留下了被哥斯拉蹂躏的大多数人,只使被选中的人能够乘坐星际移民船“阿拉姆”号前往他们可以移动的“约定地点”·τ星e。但这一计划失败了,人类不得不再次返回地球。电影版的舞台是在梅志夫离开该部门两年后。被调到冈山县濑户的美池夫开始为这位历史上最年轻的防卫大臣的受伤负责。在调查事件背景——“宙斯盾”舰相撞事件期间,由于航行内容属于国家机密,“传宗刀”的“授权发射”无法使用。