这些女孩被称为“女巫”，自古以来就一直处于攻势之中，利用她们隐藏的魔法与威胁人类生存的各种怪物作战。在由神奇女孩组成的机械化空中步兵的抵抗下，外星军最终撤退，这些女孩也成功撤退并分散在世界各地。其中一位是美丽的女孩宫户芳佳（由富原美里配音）。战争结束后，她回到了家乡扶桑王国，目标是成为一名优秀的医生。这一天，扶桑皇家海军学校的学生Shigeru Nobuyoshi（上田彩配音）前来参观，并邀请方家前往欧洲葡萄园公国学习。拥有绝技的美丽魔法女孩从四面八方再次聚集，开心地开着玩笑，却没有意识到不死的外星军队正在悄悄靠近
酒保Yumura Shinsuke（三浦春马饰演）下班回家时头部被打，身受重伤，差点丧命。经过几天的恢复意识后，他发现自己忘记了一些重要的记忆。这是一段关于之前开车时发生的导致死亡的交通事故的记忆。
