尽管依靠腰带的力量，他变身为假面骑士牙，但是对于自己为何能变身，为何不得不战斗，现在还尚未可知。然而，实际上，与Fungaia战斗的并非只有渡一个人。22年前，渡的父亲——音也已经从那时开始与猖獗的Fungaia战斗。 故事一边将渡所在的现在、以及22年前——年轻的音也结婚并生下名为渡的孩子之前——紧密地联系起来，一边发展。 22年前，音也未能铲除的Fungaia不断繁衍，并出现在现代的日本。渡化身为假面骑士牙，将其打倒，并以此形态将过去与现在相连。 然而，存在的并不仅仅只是双眼所能看到的形态。在各个时代生存着的人们的命运，将会与怎样的形态相连呢？为什么Fungaia的出现，会威胁到人类的存在呢？身在其中的渡和音也所背负的命运又是…？ 各种各样的人物，生活在各种各样的时代，故事正在发展。知道这2个时代的人，只有2个…那就是将Fungaia Hunter组织化的岛，以及22年前开始经营咖啡店「Coffee Mall Damour」的木户师傅。沉浮于2个时代的人们，掌握着他们命运关键的，是这2个人，还有父亲所留下的小提琴…！？
最近，学校成立了一个新的“From Education Department”，以培养配得上完美小姐的管家和女佣。日野秋原通过了考试，成为了校园里的一名新生。由于长相怪异，眼神凶狠，秋晴在校园里被视为局外人。让他没有想到的是，在这里，他意外地与儿时的玩伴富美彩晶（川口亚子配音）重聚。正是这个性格非常阴暗的天真女孩，给秋晴的童年记忆造成了不可磨灭的创伤。这次意外的重聚是否意味着秋晴的噩梦还会继续？
