在广播中，武藏和他的随行人员遇到了由上杉龙史率领的大型武士团——上杉武士团。他们的目的是镇压驻扎在阿瓦鲁岛上的巨大鬼神“炮战龙八枝蛇”。还有武田尚虎率领的武田武士团、与武藏同龄的武士岛津明弘和二子胜司，以及略显不那么世俗的害羞的玉曼公主。
是上前打招呼？还是默默路过？此时此刻，市子大脑里的会议室乱成一锅粥，担任议长的“理性”吉田（西岛秀俊 饰）倡议举手表决，“积极”的石桥（神木隆之介 饰）和“冲动”的鸠子（樱田日和 饰）坚持要上前搭讪，而“消极”池田（吉田羊 饰）则抵死不从，一旁负责记忆的岸先生（浅野和之 饰）不紧不慢记录会议的内容。在这五个小人的驱使下，市子走上前去，而一段奇妙的恋情也由此展开…… 本片根据水城雪可奈2010年发表的少女漫画改编。
某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。
