在小洗衣店的入口处,总有一个叫亚昭的年轻人(Wazuka Yosuke饰演),他自称是洗衣店的守门员。原来,这个精神残疾的年轻人亚昭正为他的祖母看守着这间洗衣房。在洗衣店,雅昭遇到了各种各样的顾客,其中包括一位引起雅昭兴趣的女顾客。
故事发生在箱庭学园,黑神目泷(丰崎爱生 配音)是学园一年级的新生,作为学校里的学生会长,黑神拥有完美的外表,优异的成绩,强健的身体和丰厚的家底,如此完美的女神,在生机勃勃的校园里会遇见怎样有趣的故事呢? 人吉善吉(小野友树 配音)是黑神的青梅竹马,两人从小玩到大,彼此之间感情十分要好。作为支持率百分之九十八的学生会长,黑神联手人吉善吉设置了“意见箱”,同好友阿久根高贵(浪川大辅 配音)、喜界岛枫夏(芽野爱衣 配音)等人一起,解决校园中的各类疑难杂症。然而,随着黑神的势力越来越大,一些不友好的声音随之而来。
Wille指示Akira(由Yuko Miyamura配音)和Shinri(由Masayama Sakamoto配音)夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji(由Keimei Ogata配音),但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意,跟随Ayanami(由Hyumi Lin配音)登上了突然入侵的9号航班,回到了千疮百孔的NERV总部。在这里,他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知,他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年,其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。