在《绝对零预防犯罪2》的开头，井上一树饰演的泽村一树的任务是“犯罪搜查系统的实用性”。该系统将分析公民的所有个人信息和国家监视器返回的图像。本季的故事将从官邸被释放进入紧急状态的场景开始，在涩谷、新宿和下关等地设置了最高级别的爆炸物，时间线将在几个月前拉开。参与搜查的本田毅饰演的小田彻进入正在搜查爆炸物的房间，发现泽村一彦饰演的井上持枪并流下了眼泪。在他面前的是一名被枪杀的妇女。
我想抓住这个女孩！青少年旅行的地方是一个奇怪的世界，任何事情都可能发生！？在一个古怪的网站上设置了一个游戏角色后，当达夫恢复冷静时，他莫名其妙地漫游了一个不同的世界。
瑚太郎接受了一份寻找新闻线索的工作，于是开始了在城市各处的奔走，在此过程中，只存在于都市传说之中的怪奇事件和神秘生物渐渐浮出了水面，与此同时，瑚太郎的身边亦发生了许多令他百思不得其解的怪事。为此，瑚太郎找到了超自然研究会的会长千里朱音（喜多村英梨 配音），希望后者能够解答他的疑惑，哪知道在两人调查的过程中，瑚太郎的一干好友纷纷被卷入了风暴之中。
