本作是为了纪念在1996年起开始的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。 在跨越无数的试练后,武藤游戏与身体内的另一人格“暗游戏”进行最终决战并获胜,在作出正式诀别后踏上各自的旅途。 在经历一段时间后,游戏等人重新回归平凡的生活。
其实,水月一直暗暗的喜欢着孝之,在生日当天,她找到了正准备和凉宫遥约会的孝之,希望他能够送自己一枚戒指作为礼物。然而,当孝之告别水月来到约会地点时,等待着他的却是凉宫遥因车祸而陷入昏迷的噩耗。三年之后,凉宫遥从昏迷中苏醒了,可是她的记忆依旧停留在三年前出事的那一天,殊不知此时的孝之和水月早已经走到了一起。