小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，带领大家在不同的地点来回穿梭。
就在涉沉浸在即将成为父亲的喜悦中之时，病魔猝不及防的袭击了他，主治医生告诉涉，他只剩下几个月的生命了，这也意味着，他将注定无法见到自己的孩子。涉将这一噩耗默默的埋在了心底，在短暂的余生里，他决定为自己的孩子做些什么。 病魔终究还是夺去了涉的生命，带给菜绪的是巨大的悲痛和自责感。时光荏苒，一晃五年过去，布梦已经成长为了一个健康的男孩。一天，一本名为《海盗卡达的大冒险》的图画书被邮递到了布梦的手中，发信人不是别人，竟是已经过世的涉。照着图画书上的线索，布梦和菜绪一路追寻，最终发现了涉遗留在人间的深厚的、真挚的爱意。
故事发生在大正三十年，当时帝国化八团化集团的领导人神山真次郎（由安祖山康宏配音）出国工作，并被樱花（由佐佐仓Ayama配音）任命为代理队长。然而，在神山任期结束前，他突然回到了组合，带回了一个名叫克拉拉的陌生女孩（由Hayashi配音）。
