在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。 伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。 这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？ 期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。 如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。
1998年7月，在一个饮酒后的雨夜，黑通干还收留了一个无家可归的女孩。但很快，女孩就不告而别，下落不明。与此同时，发生了连续的杀戮事件。死者无一例外地是由于强大的力量使他们的身体过度扭曲而死亡的。唐家兰开始对此事进行调查。
