镇心镇的青少年年满10岁后,即可获得训练神奇宝贝的资格。一个名叫Kochi(松本丽香配音)的10岁男孩,以成为最强大的神奇宝贝训练大师为目标,即将踏上修炼之旅。小智因为早上睡觉迟到,差点失去了挑选神奇宝贝的资格。伴随着“空间震”这一前所未有的灾害,出现了一些称为“精灵”的神秘少女,对于拥有压倒性力量、被称为灾难的她们,数十年间,人类从未停止对抗她们的步伐。