一次偶然中，又兵卫结识了名叫真一（武井证 饰）的少年，让又兵卫感到吃惊的是，真一告诉他自己来自未来。受廉姬所托，又兵卫成为了真一的监护人，而春姬即将与大国大名大仓井高虎（大泽隆夫 饰）政治联姻。 镜头转回现代，真一的失踪让身为父母的晓（简井道隆 饰）和美佐子（夏川结衣 饰）十分焦急，追寻着真一留下的线索，晓和美佐子也穿越回了古代，在那里，他们找到了真一，一家三口成为了春日城的座上客。
孤单伫立于京都寺町三条商店街的古董店“藏”。 女高中生真城葵偶然地与“藏”店主的儿子家头清贵相识，并开始在“藏”打工。 清贵虽然言行举止很温和，却具备令人恐惧的敏锐直觉，人称“福尔摩斯”。
为了对抗突然出现的人类敌人“尼禄”，世界各国组成了一支联合军队。但只有拥有特殊魔法的女孩才能对抗她们。由联合部队领导的柏林夺回行动终于开始了，第501联合作战航空团“对女巫的袭击”再次组建了一支军队。
