宗左卫门在一间破旧的小屋中落脚，开了家小私塾糊口度日，宗左卫门对住在对门的美貌寡妇纱枝（宫泽理惠饰）情愫暗生。后来宗左找到了金泽，然而仇人已经放下了杀人的刀，与妻儿过着普通的日子，宗左开始思考复仇究竟意味着什么。另一边，赤穗藩的武士来到这一带潜伏，伺机为含冤切腹的领主报仇。都是为了复仇的他们，会得到什么结局呢？
无奈之下，他带走了一只留下的神奇宝贝——皮卡丘（由大谷幸雄配音）。皮卡丘，也被称为电老鼠，虽然外表可爱，但性格腼腆内向，与人类并不亲近。他经常在稍有不满的时候就放电鼠，暴躁的脾气让小智吃了不少苦头。Daiki博士把神奇宝贝地图和神奇宝贝球作为实用礼物送给了小智。在小智和皮卡丘面前，神奇宝贝的世界里有许多谜题和探索在等着他们。迎接他们的是光明还是黑暗？小智能如愿成为神奇宝贝大师吗？
