兰园玉子（竹大彩奈配音）是一名高中一年级的女孩，外表看起来很时尚，但实际上，她是一个出乎意料的天真无邪的女孩，内心没有浪漫的经历。由于家庭原因，柚子进入了一所女子高中，这让她非常不满，因为她在这里有男朋友的概率几乎可以忽略不计。
在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切，一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
在一个阳光明媚的日子里，草帽海盗队的同伴们正在海滩上悠闲地度假。然而，停泊在岸边的金色梅里号就在他们眼皮底下被盗了。一周后，他们仍在海上漂流上岸。在一段艰难的时期，路修和其他人遇到了小贼博罗德和阿基斯。
