故事开始于詹图骑着摩托车在高速公路上,接到了美空和沙玉姐姐的电话。万章去拜祭项城(女友)的墓,一海去拜祭三羽渡鸦的墓,环德睡着了。三都总督的演讲开始了,詹图从Smash手中救出了一对兄弟姐妹。由于伊能贤武的洗脑,人们袭击了战兔。
可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。 然而在世界受到这样的威胁时,有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。 在那场传奇的战斗中,「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒,成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界,然后却突然消声匿迹了,而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播,成为了传说。 而现在,作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作,为了寻找过去发生的某件事件的真相,对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机,命运的齿轮就此转动…… 迷之AI的真身,「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的,以及隐藏在游作过去的真相到底是——— 所有的答案,都在「Link Vrains」中