谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀，素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由美 饰）也在爆炸中丧生。经过缜密追查，素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延，而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系。危机当前，阴谋悄然复出水面…… 本片根据士郎正宗的同名原作改编，系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品。
主角女高中生森田真由，这位总是沉默寡言的无口少女的校园及日常生活。森田之所以总是不说话，并不是因为她讨厌说话或真的没话可说，而是因为常常在说话前会思考大量的事情，所以总是弄得错过了和别人一起交谈的时机。也因为这种错过，所以经常弄出笑话来。
