东都大学附属医院某夜紧急收容了一名头部受创的神秘男子，脑外科值班医生南方仁（大泽隆夫 饰）为其顺利完成手术，手术转醒后男子却莫名出逃。仁在追赶中自台阶摔下昏迷，再次醒来后发现自己已身处一片树林之中，有盘头武士在厮杀。
动画的故事舞台设定在现代的涩谷之中。主角织田龙平在小学时目击过憧憬的哥哥的神秘死亡现场。现在是高中生的他，早已摆脱了当时的恶梦。和平常一样练着拳击的某天晚上，他被奇怪的生物咬了一口，坠入了一个和平常不同的梦。
在随后的几天里，那些躲在国家政治底层、依靠蓝绿色药丸执行各种绝密任务的特工相继死亡，而负责弄脏双手的前美国空军上校埃里克·贝尔（爱德华·诺顿饰），慢慢地伸出屠刀，躲在暴雪深山中阿拉斯加特工艾伦·克劳斯（杰瑞米·雷纳饰演）的大山里。突如其来的炮火袭击让艾伦意识到了自己所处的危险境地。在接下来的日子里，他不仅要在以前同伴的追捕中生存下来，还要找到为他提供持续体力和智力来源的蓝绿色药丸
