神秘的EVA Zero飞行员Ayanami在与Ikeyamura达成协议时，抵达了NERV底层的中央教条红池。她的命运似乎要在这里结束了。在关键时刻，川上和美不仅要按照吉信吉的指示完成对“第二次大灾难”和“人类完成计划”真相的调查，还要保护东和秋原，以及防止SEELE与第一架和第二架飞机的身体接触。出于对池原都的仇恨，秋原接受了SEELE引爆MAGI的提议。她能成功吗？为防止人类“终极悲剧”而酝酿的“人类完成计划”，比如与SEELE合作了很长时间的池云田、冬月耕、池吉，能否实现？请在电影《新世纪福音战士》第二部中提供答案。
本想骗取奖励的奈绪子与上田成为了勾心斗角的伙伴。时常闹矛盾的二人卷入一个个超能力事件，并将真相戳穿。 终于，上田次郎以他们的经历写了一本破解虚假超能力的书，结果吸引来了一个自称来自六墓村的男人。据他说，每年的1月11日，他经营旅馆都会死人。这是诅咒，还是超能力，又或是不可告人的犯罪？上田次郎与山田奈绪子再度联手，充满悬疑推理与科学知识的《圈套》第2季就这样开始了。
