主人公是马拓，他也是一名无所事事的高中生。他的父亲是一名历史学家，但他在研究期间失踪了，留下他和继母相互依赖。暑假期间，主人公收到了父亲寄来的一个包裹，里面有一个指南针和三颗水晶珠，还有一封写着“时间是可逆的，历史是不可逆转的”的信和一些关于平行世界概念的信。他指示主人公晚上去当地著名的地标性建筑剑点与某人会面。Tuoye按计划在晚上到达剑点，发现他的继母Ayumi和他父亲的研究伙伴Takasami都在场。原本友好的龙藏寺突然转过身来，要求一匹马交出收到的包裹，并拔出枪威胁他。就在关键时刻，一道闪电落下，击中了神社的御神石，导致陀罗昏倒。当拓也醒来的时候，周围没有人。回家睡了一会儿之后，他意识到不对劲。我的继母和龙藏寺都不记得昨晚发生了什么。此刻，他意识到父亲送给他的遗物是一种神奇的道具，可以让人们自由地穿越平行世界。因此，他进行了一系列调查，以找到他父亲的真实下落。
之后，一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人，而为首的，竟然是双叶里的里长四膳守（山寺宏一 配音）。原来，四膳首是一位激进的环保主义着，妄图通过一种神秘的药物将破坏环境的人类全部都变成动物，而小新捡到的神秘液体就是还尚处于测试阶段的药物，四膳守准备将美伢和广志当做实验对象进行研究。在神秘女子维多利亚（后藤邑子 配音）的帮助下，小新一行人成功出逃，他们和春日部防卫队一起，决心破解四膳守的阴谋。
