NORN9告诉一个年轻人在穿越时空到达世界的过程中遇到了三个女孩和九个年轻人的故事。年轻人和他们一起踏上了一段空中之旅。他们开始旅行的原因是什么？目的地在哪里？这个“世界”到底是什么？带着各种疑虑，这艘船正在向前行驶。故事快结束了。
继第一季之后，《黑暗之菊》的故事继续以外国电影的形式讲述短小精悍的恐怖故事。这一次扩大了制作阵容，在恐怖领域占据重要席位的导演清水隆（《怨声载道》饰）和井上升（《财富无限》饰）纷纷加盟，无疑提升了本作第二季的恐怖指数。在片尾曲方面，初音带来的《四十九天眼》有着不输前作的邪典光环。此外，官方网站仍不定期提供恐怖短篇小说，让爱好者继续在黑暗世界中游荡。
故事发生在箱庭学园，黑神目泷（丰崎爱生 配音）是学园一年级的新生，作为学校里的学生会长，黑神拥有完美的外表，优异的成绩，强健的身体和丰厚的家底，如此完美的女神，在生机勃勃的校园里会遇见怎样有趣的故事呢？ 人吉善吉（小野友树 配音）是黑神的青梅竹马，两人从小玩到大，彼此之间感情十分要好。作为支持率百分之九十八的学生会长，黑神联手人吉善吉设置了“意见箱”，同好友阿久根高贵（浪川大辅 配音）、喜界岛枫夏（芽野爱衣 配音）等人一起，解决校园中的各类疑难杂症。然而，随着黑神的势力越来越大，一些不友好的声音随之而来。
