当芭洛特再次醒来，发现自己正置身于传说中的禁忌科学诞生之地——“乐园”实验室，再次她见识了许多奇怪的发明，并了解到“乐园”和三博士的过去。经过一番追查，她终于得知榭尔（中井和哉 配音）的记忆正藏在卡西诺赌场的一枚筹码之中。为了追查榭尔的过去，芭洛特化装成赌客走入凶险的赌场…… 本片根据冲方丁的科幻小说改编，为“壳中少女”三部曲中第二部（另两部分别为“压缩”和“排气”）。
来自环境省的天海（小立勋装饰）和经济产业省的常盘玉一（松山贤一装饰）的灵感也被选中。有一天，Tanzo Tosuke（川川明饰演）的一篇报道在网上发布，他为关东沉没敲响了警钟。由于这篇报道，一些团体发起了示威，天海与田所会面以平息局势。然而，田所对天海的话充耳不闻，并预言伊豆海中的一座岛屿将很快沉没。带着一丝不安，天海和常盘一起潜水，在那里遇到了一场毁灭性的事件
学校の屋上で漫才の練習をしていたユウとノブ。同じ頃、校舎の中は人間ではない「別のモノ」の存在であふれていた。「別のモノ」に噛まれて死ぬと、同じく「別のモノ」となって人を襲うようになるという。
