地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。
某一日，巨型涅墨西斯袭击了村子， 为了拯救世界彻底消除涅墨西斯，赛特下定决心去寻找传说中涅墨西斯巢穴地， 在旅途中赛特不断的遇到新的伙伴与新的强敌不断的成长。
これは、昔昔から続いている、猫と十二の干支娘たちのお話・・・ 60年に一度の干支神選抜祭、『ETM12』が幕を閉じ、2000年続いたネコとネズミの因縁にも(一応) 決着を見たあの日から数ヶ月後。世界各国を巡るソルラルバトル行脚から戻った「にゃ~たん」はタケルが修学旅行中なのをいいことに、今日も好き放題、干支神たちとワイワイガヤガヤ。そんなある日、 謎のえと娘、「なぁ~たん」が現れる。 にゃ~たんを姉のように慕い、真っすぐな好意を隠そうともしない「なぁ~たん」の登場に困惑気味の干支神たち。のぼせて有頂天の「にゃ~たん」は「なぁ~たん」とすっかり意気投合、みんなもいつしかこの新たな同居人を歓迎し、いつもと変わらぬ賑やかさでタケルの帰りを待つのだった。 ある日のタケル邸、ふとしたことからいつもと違う世界の動きを干支神たちが感じ取る。そこに突如、空から現れるチュウたん。どこかただならぬ様相で口を開き、「ある知らせ」を告げる。 「封印が解けるぞ・・・」 実は「なぁ~たん」は本人も忘れている「使命」を託された、神の遣いで・・・
