在不久的将来,曾经熙熙攘攘的东京因核电站事件而成为一座死城,成为世界上最大的鬼城。然而,即使在这片荒凉的废墟中,仍然有幸存者在这里徘徊。20XX年,三名没有任何辐射防护设备的年轻女孩出现在旧东京。
在危急的情况下,特勤局NERV的葛成美救出了真嗣,并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令:驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝,在看到严重受伤的替补司机Ayumi后,他决定遵守父亲的命令。就这样,从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切,一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
女大学生加穗子是一个"被保护过度的典型典范"。凡事都依靠父母解决,无忧无虑地长大,加穗子就像一个"在无菌环境下培养出来的神奇人类"。