本作讲述的是这样一个故事:回到王立警察特殊犯罪捜査课的天才搜查官基思(キース・フリック)追寻着某个事件的犯人。该犯人是专门猎杀凶恶犯罪者的连续杀人犯,通称“Killer B”。在犯罪现场必然会刻下的“B”的文字引起了人们的注意和猜测。
真道幸路朗是在外务省工作的干练交涉官。在羽田机场,真道所乘坐的客机正准备起飞时,空中出现了神秘的巨大立方体。“那个东西”急速地巨大化,并吞噬了载有252人的客机。巨大立方体的名字是“卡多”。
神奈原这座和平祥和的城市由魔法女孩守护,如鹿木原(吉村碧配音)、早矢香美树(Hidamura Hideyoshi配音)、八麻美(岛桥和树配音)和佐佐仓明子(野中蓝配音)。