对此感到焦躁的日本政府为了解决突然出现的Phenomenon而组织了特殊部队。总务省情报管理厅管辖扩张现实特殊战略队群特别攻击队——又名扩张少女系三重奏。
日本的某座城里发生连环抢劫案，但警方在犯罪现场却找不到任何蛛丝马迹。平凡生活着的水野为了帮助佐野博士进行人体实验而变成气体异形，后来水野为了家族衰落的爱人藤谷而多次犯下可怕的罪行…导致最后造成悲剧。
2009年4月～6月に放送された人気TVアニメの完結編となる劇場版2部作の第1部。監督は「攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX」の神山健治。
