2599年,酝酿了五百年的火星迁徙计划终于要迈出重要一步了。在此之前,科学家通过注射藻类和蟑螂改善了火星上的生活环境。现在,为了避免死刑的惩罚,小町幸二(伊藤秀吉饰演)和青梅竹马秋田奈介(武井佐纪饰演)不得不同意本多博士(小林俊夫饰演)的要求,与不同身份和背景的人一起登上前往火星的宇宙飞船,例如武野俊夫(山下俊夫饰演,Hiroshi Ichiro(山田隆饰演)、Mori Akira(菊井林子饰演)和Tomoshi(加藤康夫饰演)。到达目的地后,他们惊讶地发现蟑螂已经进化成了非常强壮和高大的生物,并迅速对它们发起了攻击。在战斗中,他们了解到了这次火星之旅的真正目的,并竭尽全力与洪水般的蟑螂作斗争,以便返回地球
电影版不是电视版的续集,而是一个关于戏剧版世界的平行故事。新婚夫妇赖奈(原田智友饰)和向太(田中惠饰)搬进公寓两年后,他们邀请邻居在游轮上参加他们的婚宴。
卡卡西(井上和彦 配音)等人则负责侦查空之团的老巢,鸣人(竹内顺子 配音)、小樱(中村千绘 配音)、雏田(水樹奈々 配音)受命组成三人医疗小队,协助名医神农(石塚運昇 配音)前往其徒弟雨琉的家乡医治伤者。另一方面,病入膏肓的大蛇丸得知神农的再生之术业已完成,他命佐助(杉山纪彰 配音)前去寻找神农。这也促成佐助和昔日伙伴宿命的重逢…… 本片为《火影忍者》第五部剧场版动画。