一位名叫加藤千吉（金子达饰演）的男子的尸体被发现横躺在千寻的雪原中。振宇和周平接手了此案的调查，但意外发现加藤和施琅过去有着千丝万缕的联系。之后，第二具尸体浮出水面，死者是一位名叫龙川信夫（品川敏子饰演）的出租车司机。女总裁小林美子（余美子饰演）也卷入了这起事件。就在无数思绪无法理清的时候，一个神秘的女人出现了，并认罪了。
在这紧要关头，人类组成宇宙舰队远征火星，结果几乎全军覆没，侥幸逃回的大和号成为人类最后的希望。与此同时，一个神秘装置穿越万里银河坠落地球，经检测发现该装置竟然能消除放射性物质。为了从装置的主人——麦哲伦星云伊斯坎达尔星的高智慧生物那里寻求帮助，人类决定孤注一掷，派遣大和号进行这次远征。火星之战中失去哥哥的原宇宙舰队成员古代进（木村拓哉 饰）应召归队，和一众好友成为了见证伟大历史时刻的一员。而得知人类动向的加米拉斯也发起了一波波的致命攻击…… 本片根据松本零士的同名原著改编。
