内容为--被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面,在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女(实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女,美耐巴·扎比)奥黛丽为了制止新的战争爆发,必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后,逐渐被她所吸引。 随后,地球联邦察觉了这起交易,并进行军事介入,工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽,而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉,并且将箱之钥匙--“机动战士高达独角兽”托付给他。 随后,一场围绕“拉普拉斯之箱”的战争开始了……
接着在他们面前,Super Time Jaker·Tid现身了,在守护少年幸吾的战斗中,庄吾遇见了一位喜欢假面骑士的青年·充(Ataru)。 另一方,独自挑战Tid的战兔,被其洗脑操纵了。而想在强大的敌人面前救出幸吾的庄吾,却被充所告知:“假面骑士,在现实中是不存在的。”那句话的真意到底是什么?究竟是从什么时候开始假面骑士变成了虚构的存在?在谜团逐渐加深的时候,庄吾与战兔追踪着Tid的身影,来到了初代平成骑士的诞生地·九郎岳遗迹。