为了同这股势力抗争,一群名为“舰娘”的女孩子们出现了,在她们的体内,栖息着舰艇之魂,亦是明日呢化身成为各式各样的战舰,为了人类的和平做着不懈的努力。 平日里,舰娘们在名为“镇守府”的大本营里进行日常生活和训练,某日,一位名叫吹雪(上坂堇 配音)的活泼女孩出现在了大家的面前,初来乍到的她踌躇满志,热情满满地加入了舰队的新生活中去,在这里,充满了精彩和刺激的日常就此展开。
庆应三年——幕末动乱时代。 由于将军德川庆喜的大政奉还,江户幕府濒临解体,幕府与讨幕派的对立日渐激化。近藤勇、土方岁三率领的新撰组,在经历油小路事件后遭受重创,即使如此仍然决定向庆喜效忠。