在这个世界中，除了人类和妖怪外，还存在着另一个物种——人类和妖怪结合产生的返祖妖怪。由于其不纯正的血统，返祖妖怪经常会被同类驱逐甚至追杀，因此，一间专门为返祖妖怪提供庇护的“妖馆”应运而生。
故事发生在日本江户时代，当时一名神秘男子出现在武士桂（石田明配音）面前。他手里拿着魔剑“红樱”，要求对其进行测试。当晚之后，桂的下落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松伸树配音）从万石屋找到了信高（Naomiya Rihui配音）和信矢加（Sakaguchi Daisuke配音），并委托他们寻找主人的下落。与此同时，银石（杉田智和饰）也被委托寻找调皮捣蛋的红樱的下落。三人的线索聚集在一艘飞艇上，由于远离警方的管辖范围，飞艇内的邪恶势力被完全隐藏起来。在那里，银石遇到了他的前战友、现任对手高崎信三（由齐安武史配音），他正带领他的幽灵军队试图摧毁江户。一边是令人发指的恐怖分子，另一边是残忍嗜血的妖刀红鹰。身受重伤的银石能否安全逃生，拯救江户？这部剧场版翻拍了《银魂》动画中的《红樱物语》，没有出现在原作中的真选组也将在故事中展示他们的技巧。
孔有着甜美可爱的外表和性格，但直到20岁，她才有过真正的恋爱关系。为什么会这样？事实证明，孔是一个标准的家庭主妇，她忙于等待新的漫画出版物上市，去漫展参加COSPLAY活动，关注各大动漫杂志的最新信息，日程安排也很满，所以她根本找不到时间去恋爱。事故的发生让毕和孔都意识到了当前的问题，他们最终决定以“爱”为目标，发起冲击。
