为了报答自己的罪过,挽回失去的一切,兄弟俩踏上了寻找传说中的“哲人石”的旅程。几年后,一位右臂和左腿都被“机械盔甲”取代的国家炼金术士出现在人们面前。他被称为“钢铁的炼金术”。
长久以来,五个世界相互制约抗衡,形成了微妙的平衡,然而一场意外的发生让这五个世界都将面临着同一个结局——毁灭。 为了避免这恐怖的未来图景成为现实,拥有“Excceed能力”的少女们挺身而出,她们被送往名为青兰学院的学校之中,在这里接受训练和保护。率真耿直的彩城天音(田村由加莉 配音)、沉默寡言的苍月纱夜(寿美菜子 配音)、优雅高贵的阿尔玛利亚(原由实 配音),在校园里,这些命运相似的少女们相遇了。
在车站的站台上,一名中年男子正准备跳下轨道自杀。但在关键时刻,他被一个叫Kurasaki(山下俊夫饰演)的人救了下来。当自杀未遂的男子还在恍惚中时,黑泽明冷冰冰地说:“叔叔,你踩到我的钱了”。