在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。 伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。 这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？ 期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。 如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。
为了陪伴患有哮喘的弟弟星野歩（大桥步夕 配音）去乡间修养，星野一马（浅沼晋太郎 配音）毅然决然的放弃了学校的课程，来到了宁静祥和的山比古町。哪知道，刚刚到达没多久，就发生了让一马心跳加速的意外事件——自己和名叫中津川初（中村绘里子 配音）的陌生女孩子接吻了。虽然中津一副无所谓的样子，但从此，一马成为了她目光无法移开的焦点。 在小镇里，住着各式各样性格单纯而又善良的人们。容易害羞的神社女巫神本圆佳（清水爱 配音），目睹了意外之吻的傲娇娘日向伊吹（青叶林檎 配音），成熟稳重的大姐姐藤堂䌷（高桥智秋 配音）等，在这些可爱女孩子的环绕下，一马能否坚守最初的约定？
