清廷视少林寺为眼中钉，利用驻扎在少林寺的间谍提供的情报，派遣各种专家烧毁少林寺，并故意试图一举消灭少林弟子。突然，寺庙里的僧侣和俗世的门徒冲了过来，十有八九死了。方大洪（孟非饰）找到了自己的生命，逃到广东与李世凯（齐冠军饰）会面，讨论如何继续反清复明。胡德迪（姜大卫饰）、蔡德忠（狄龙饰）、马朝兴（傅胜饰）等人北上中原，竭尽全力在寺院里寻找间谍，决心为死去的少林弟子报仇——五人一度对少林功夫心存疑虑，但后来才意识到，难怪少林功夫不好。他们只是抱怨自己学习不熟练。因此，他们致力于修炼，并最终取得了积极的成果，被后世称为“少林五祖”。