美国联邦调查局探员福克斯·穆德（大卫·杜乔夫尼饰）童年时经历了一起奇怪而神秘的绑架案。他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人绑架，至今下落不明。此后，穆德专注于神秘事件的研究，并专门负责联邦调查局总部的X档案部。因为穆德行为反常，难以控制。联邦调查局高级管理层从联邦调查局学院调来了女特工黛安·肖利（吉莉安·安德森饰），表面上是为了协助穆德的工作，但实际上希望这位崇尚科学的理性特工能够限制穆德的行为。两人最初的合作并不理想，完全不同的思维模式总是导致争议的爆发。然而，随着各种离奇案件的出现和他们的联系的加深，穆德和斯克利最终成为了可靠的伙伴，他们可以为彼此经历生死。。。这部电影在1996年至1999年美国作曲家、作家和出版商协会电影和电视音乐奖的电视剧中获得第一名，并在其他电影节中获得近70个奖项。